Mise à jour Janvier 2016 - ANSI/NISO Z39.96:2015 - nouvelle version 1.1. de Novembre 2015. En cours de dépôt sur le site http://jats.niso.org/
La norme américaine JATS (Journal Article Tag Suite) ANSI/NISO Z39.96:2012 est un vocabulaire XML composé d'un ensemble de métadonnées XML. Ce vocabulaire permet de représenter la structure et pour partie le contenu d'un article de revue, ainsi que d'autres types de matériaux que l'on trouve traditionnellement dans les revues comme les lettres, les éditoriaux ou les revues d'ouvrages.
Son histoire débute en 2002 au NCBI (National Center for Biotechnology Information, Wikipedia) de la NLM (National Library of Medicine). Cet organisme met alors en oeuvre une "suite de tags" (Tag Suite) pour représenter des articles de revues. La norme américaine JATS publiée en 2012 correspond à la version 3 (2008) du Tag Suite du NCBI, à quelques changements mineurs près.
1. Structure et contenu
Tout en garantissant l'interopérabilité entre les systèmes, l'idée privilégiée dès le départ au sein de cet écosystème NCBI/PubMed, était de tenir compte des différents contextes professionnels, des besoins et contraintes des éditeurs, en particulier des "petits éditeurs" de ce vaste répertoire qu'est PubMed Central. La "Tag Suite" (suite de tags) est ainsi composée de l'ensemble des métadonnées et de règles associées utilisées pour spécifier des ensembles de métadonnées dédiés à des contextes particuliers, en l'occurrence 4 groupes d'éléments correspondant à trois contextes particuliers. La norme NISO intègre 3 d'entre eux.
- Archiving and Interchange Tag Set (Vert) est le vocabulaire le plus approprié pour des utilisateurs cherchant à convertir des articles de revues de différents formats tout en préservant leurs formats d'origine (reprise de fonds anciens et mise en cohérence de ces ensembles)
- Publishing Tag Set (Bleu) pour la création de nouvelles revues ou pour des éditeurs souhaitant mettre en cohérence les articles de revues convertis à partir de différents formats source.
- Authoring Tag Set (Orange) - pour la creation de nouveaux articles de revue en XML cherchant un vocabulaire moins ample et qui permette surtout de contrôler la production et l'éditorialisation de contenu, exploitable avec des éditeurs XML.
- Book Tag Set (Violet) - non intégré à la norme NISO - constitue un bon point de départ pour le développement de modèles de livres pour des collections éditoriales. NCBI l'utilise pour ses conférences.
2. Passons aux choses sérieuses : la sémantique
Bien sûr il n'est pas question de passer en revue les éléments et attributs de ce référentiel ni de chacun de ces vocabulaires. Nous pointerons quelques éléments seulement en rapport avec les thèmes privilégiés de ce blogue.
L'article est le nom donné à l'entité fondamentale dans la modélisation
Ce peut être un article au sens où nous l'entendons d'ordinaire, académique ou non, mais aussi une lettre, une réponse, une analyse d'article ou toute autre brève (édito, ...) pouvant être intégrés à une revue.
L'attribut sec-type (type de section)
Cet attribut permet de qualifier une section particulière de l'article selon la structure assez traditionnelle d'un texte rendant compte du résultat d'un travail scientifique ou technique.
- cases > Cases/Case Reports
- conclusions > Conclusions/Comment
- discussion > Discussion/Interpretation
- intro > Introduction/Synopsis
- materials >Materials
- methods > Methods/Methodology/Procedures
- results > Results/Statement of Findings
- subjects > Subjects/Participants/Patients
- supplementary-material > Supplementary materials
Voici pour un article pris en exemple que vous trouverez en ligne ici http://www.bmj.com/content/324/7342/880) : la section 3 [sec (3)] au sens JATS précise le thème (<subject>) de l'article.
Les mots clés (keyword)
<kwd>acid rainfall</kwd>
<kwd>smelting region</kwd>
<kwd>Aluminum residues</kwd>
<kwd>Sulphur dioxide</kwd>
<kwd>Copper-nickel smelters</kwd>
</kwd-group>
- <subj-group> Subject Group - Container element for the subject matter designations describing a document’s content or a component document’s content. Subjects are used to organize documents into groupings (potentially hierarchical groupings) for display or print.
-
<subject> Subject Grouping Name - Name of one subject or topic used to describe an article. Such topics and groupings of topics are typically used to provide headings for groups of documents or document components in a printed, or online, generated Table of Contents. (version 2012 - http://jats.niso.org/Blue1_0/Blue1_0-elem-subject.html)
Référence (ou citation)
Pour encoder les références citées, deux formats (appelé style) sont proposés, l'un (mixed style) mélangeant des balises et du texte; l'autre (element) ne portant que le contenu textuel de l'élément. Ce dernier format permet d'offrir une plus grande régularité dans la présentation des références.Type de publication citée et caractéristiques du format de la publication
- le type (@publication-type) : revue, livre, rapport, communication de conférence, session de posters, thèse, brevet, wiki...
- le format (@publication-format) : imprimé, dvd, videocassette, slide, online, ...
Identifiants
- Identifiant des publications (article ou références citées) : DOI, PubMed Central identifier, Coden,...
- Identifiant des auteurs avec ORCID (un article)
- Des URI : des rôles (citation, conférence, collaboration, ...) et des types (<self-uri>, <ext-URI> un typage pour les liens externes (DOI,...)...
Gestion du cycle de validation - <history> History: Document History
JATS propose un vocabulaire simple pour encoder la date et le type de date au sein du processus de validation : reception, révision, ... On pourrait d'ailleurs rajouter "date de rétraction/retrait" (et peut être les motifs) pour tenir compte de la vrai vie des articles.
Je note de plus que ce mécanisme n'est pas applicable aux documents cités.
3. Usages et outils
- En Amérique Latine pour une archive ouvert, SciELO - Scientific Electronic Library Online (présentation)
- En Korée pour valoriser l'usage de ce vocabulaire pour la promotion des "petits" éditeurs de revues académiques,
- Au Japon - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK100380/
- L'ISO semble s'y mettre ! Verrait-on enfin les normes sous un format adapté à leur valorisation et à la lecture sur écran ?
http://www.iso.org/schema/isosts/v1.0/doc/n-c500.html
Le nerf de la guerre : des outils de production
5. Trois remarques générales
1. Modélisation "bibliographique", "éditoriale" et "scientifique"
2. Modélisation "technique"
Disons le : ce vocabulaire s'autodocumente et ne prend pas appui sur un formalisme standardisé. Même si cet alphabet et cette grammaire sont simples, utiliser des vocabulaires dont la description est standardisée facilite grandement la prise en main des vocabulaires.
De plus quand les vocabulaires réutilisent eux-mêmes des vocabulaires standardisés (et connus), on assure au vocabulaire à la fois une plus grande qualité (des parties de vocabulaires sont validés....), une prise en main et un déploiement plus rapide, et donc une diffusion plus large. Malgré le caractère simple et robuste de ce vocabulaire, ce manque d'interopérabilité et d'ouverture pourrait aujourd'hui freiner son usage, sauf si des outils et méthodes d'alignement voyaient le jour (section suivante).
3. Et le web de données ?
-
Le site officiel de la norme sur le site du NISO - http://jats.niso.org/
-
Les Conférences JATS - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK65129/
-
Beck J, Randall L. NLM DTD to NISO JATS Z39.96-2012. 2013 Nov 14. In: The NCBI Handbook [Internet]. 2nd edition. Bethesda (MD): National Center for Biotechnology Information (US); 2013-. Available from: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK169004/
- The semantics of “semantic, Balisage: The Markup Conference 2013 ; http://www.balisage.net/Proceedings/vol10/html/Usdin01/BalisageVol10-Usdin01.html)
-
JATS: A New Standard from an Old Specification, article 2013
- Site Web (officiel NISO, la documentation dont les schémas (informatif) sont sur le site de la NLM.
- http://jats.nlm.nih.gov/archiving/
- http://jats.nlm.nih.gov/archiving/tag-library/1.1d1/index.html (2013)
- Tableau comparatif : http://jats.niso.org/Suite/tag-suite-components.html
- http://jats.nlm.nih.gov/publishing/
- http://jats.nlm.nih.gov/articleauthoring/
- http://dtd.nlm.nih.gov/book/
- http://jats.nlm.nih.gov/extensions/bits/ (Book Interchange Tag Suite)
- Outil
- http://annotum.org
- Liste d'outils : http://webservices.itcs.umich.edu/mediawiki/jats/index.php/Tools
- Exemple
- Articles balisés JATS 3.0.
- Exemple d'un article de BMK - http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/3.0/FullArticleSamples/bmj_sample.txt
-
Ressources - http://www.mulberrytech.com/JATS/ - Mulberry Technologies
-
From Markup to Linked Data: Mapping NISO JATS v1.0 to RDF using the SPAR Ontologies/Peroni S, Lapeyre DA, Shotton D. ; Journal Article Tag Suite Conference (JATS-Con) Proceedings 2012 [Internet]. 2012. Available from: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK100491/Mapping JATS to RDF - http://opencitations.wordpress.com/2012/12/20/mapping-jats-to-rdf/
- SPAR
- http://sempublishing.sourceforge.net/ ;
- http://lov.okfn.org/dataset/lov/details/vocabularySpace_SPAR.html
- http://www.essepuntato.it/lode/http://purl.org/spar/doco
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